Исходя из названия версий - r1, r3, можно сделать вывод, что, чем выше номер версии (ревизии, в нашем случае), тем клиент лучше. Но не всегда.
На моей памяти, единственное, что очень сильно зависит от версии SA-MP - это SAMPFUNCS (он требует либо 0.3.7 R1 версию, либо 0.3DL-R1). Если планируешь модифицировать сборку по полной - ставь r1, не прогадаешь. В остальном же, моды зависят именно от версии gta_sa.exe (должна быть всегда 1.0 US).